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Arrêt maladie salaire : 3 jours de carence, 50 % du brut et démarches à ne pas rater

Absences et arrêts Par Nadia Berthelot Mis à jour le 6 septembre 2026
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En arrêt maladie, le salaire habituel n’est pas remplacé à l’identique. Le plus souvent, vous percevez des indemnités journalières de l’Assurance Maladie, parfois complétées par votre employeur si la loi, votre convention collective ou un accord d’entreprise le prévoit. Pour estimer ce que vous toucherez, trois points comptent surtout : vos droits ouverts, le calcul des indemnités et le délai de carence.

Qui paie pendant un arrêt maladie : CPAM, employeur ou les deux ?

Lorsqu’un médecin prescrit un arrêt de travail pour maladie, le contrat de travail est suspendu. Vous ne travaillez pas, et l’employeur ne verse plus automatiquement le salaire normal. La compensation principale vient des indemnités journalières maladie, versées par la CPAM au titre de l’Assurance Maladie.

Infographie sur l'arrêt maladie salaire avec carence, calcul et plafonds
Infographie sur l’arrêt maladie salaire avec carence, calcul et plafonds

Dans certaines entreprises, l’employeur complète ces indemnités pour assurer un maintien de salaire partiel ou total. Ce complément dépend de votre ancienneté, de votre convention collective, d’un accord d’entreprise ou d’un régime de prévoyance. Il peut aussi y avoir subrogation : l’employeur vous maintient une rémunération et reçoit directement les indemnités journalières à votre place.

Les conditions à remplir pour toucher des indemnités journalières

Le droit aux indemnités journalières n’est pas automatique. Il dépend de votre activité récente et de vos cotisations. Les règles changent selon la durée de l’arrêt.

Pour un arrêt maladie inférieur ou égal à 6 mois

Vous devez avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l’arrêt. Si cette condition n’est pas remplie, vous pouvez aussi ouvrir droit aux indemnités si vous avez cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du Smic horaire au cours des 6 mois précédant l’arrêt.

Pour un arrêt maladie de plus de 6 mois

Les conditions sont plus exigeantes. Il faut notamment justifier d’une affiliation à l’Assurance Maladie depuis au moins 12 mois à la date de l’arrêt, et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois ou des 365 jours précédents. Une autre voie existe si vous avez cotisé sur une rémunération au moins égale à 2 030 fois le montant du Smic horaire sur cette même période.

Calcul de l’arrêt maladie : quel salaire est réellement remplacé ?

Les indemnités journalières correspondent en principe à 50 % du salaire journalier de base. Ce salaire journalier est calculé à partir de vos salaires bruts de référence, mais il est plafonné. Toute la rémunération n’est donc pas forcément prise en compte, surtout si votre salaire est élevé.

En pratique, l’Assurance Maladie part du salaire brut, puis applique les règles de calcul et les plafonds. Le montant obtenu ne reflète donc pas toujours 50 % de votre salaire net habituel. C’est une des raisons pour lesquelles deux salariés, avec la même durée d’arrêt, peuvent percevoir des montants différents.

Pour lire votre revenu pendant l’arrêt, gardez une logique simple. La première couche est l’indemnité journalière versée par la CPAM. La deuxième peut être le complément employeur. La troisième, parfois, une prévoyance. Si l’une manque, le revenu baisse, mais les autres protections peuvent limiter la perte. Cette lecture aide à vérifier ce qu’il faut regarder en priorité : vos droits Assurance Maladie, votre convention collective, puis vos garanties complémentaires.

Élément Repère utile
Base de calcul Salaire brut de référence
Taux courant 50 % du salaire journalier de base
Plafond Rémunération prise en compte dans une limite réglementaire
Complément possible Maintien de salaire employeur, convention collective ou prévoyance

Quand commence le paiement : carence, fréquence et exceptions

Le délai de carence habituel est de 3 jours. Pour un arrêt maladie classique, les indemnités journalières commencent en principe à partir du 4e jour d’arrêt. Les trois premiers jours ne sont donc pas indemnisés par l’Assurance Maladie, sauf cas particulier.

Le versement intervient ensuite en moyenne tous les 14 jours, après traitement du dossier par la CPAM. Le délai réel peut varier si l’arrêt est incomplet, si l’attestation de salaire manque ou si votre caisse doit vérifier vos droits.

Les cas où la carence peut ne pas s’appliquer

Certaines situations échappent au délai de carence. C’est notamment le cas lorsqu’un arrêt est prolongé après une reprise d’activité de 48 heures maximum entre deux arrêts liés à la même affection. Des règles spécifiques existent aussi pour certains arrêts liés à une affection de longue durée, ainsi que pour les accidents du travail et maladies professionnelles, qui relèvent d’un régime distinct.

Les démarches qui conditionnent le versement

Pour éviter un retard de paiement, l’arrêt de travail doit être transmis rapidement. Si le médecin établit l’arrêt en ligne, les volets destinés à l’Assurance Maladie sont envoyés automatiquement. Si vous recevez un formulaire papier, vous devez adresser les volets concernés à votre CPAM et à votre employeur dans un délai de 48 heures.

L’employeur joue aussi un rôle important : il doit établir l’attestation de salaire. Ce document permet à l’Assurance Maladie de calculer vos indemnités journalières. Sans cette attestation, le paiement peut être bloqué ou retardé, même si votre arrêt médical a bien été transmis.

  • Vérifiez que votre arrêt a bien été envoyé ou posté dans les délais.
  • Prévenez votre employeur rapidement, selon les règles internes de l’entreprise.
  • Surveillez votre compte ameli pour suivre les paiements et les éventuelles demandes de pièces.
  • En cas de prolongation, assurez-vous qu’elle respecte bien la continuité médicale de l’arrêt.

Cas particuliers : arrêt long, revenus variables et maintien de salaire

Les salariés saisonniers, intermittents ou aux revenus irréguliers relèvent de règles d’appréciation particulières. Les heures travaillées et les cotisations ne se lisent pas toujours comme pour un salarié à temps plein régulier. En cas de doute, il vaut mieux vérifier votre situation directement auprès de votre CPAM.

Pour une affection de longue durée, un arrêt prolongé ou une reprise partielle, les conséquences sur le salaire peuvent aussi changer dans le temps. Certaines indemnisations peuvent durer longtemps, avec des limites propres à chaque situation, notamment jusqu’à 3 ans dans certains cadres d’indemnisation maladie. Le maintien employeur, lui, peut cesser plus tôt selon votre ancienneté et votre convention collective.

La bonne méthode consiste donc à ne pas regarder uniquement le montant versé par la CPAM. Additionnez les différentes protections : indemnités journalières, éventuel complément employeur, prévoyance et règles conventionnelles. C’est cette combinaison qui donne votre revenu réel pendant l’arrêt maladie.